Запасы минеральных ресурсов на территории района огромные, много неразведанных месторождений и залежей с оцененными объемами руды. Поэтому среди инвестиционных проектов района важное место занимают разработка Кара-Кульского кобальто-медного месторождения ООО «Алтай Руда Металл», добыча редкоземельных металлов тантала, лития, ниобия, рубидия, цезия в урочище Каралаха ООО «Алтай-Тантал», добыча и переработка спекулярита в урочище Шибеты ООО «Металлы Алтая», добыча и переработка гипса на месторождении «Пограничное» ООО «Ревик-Про».
Инвестиционный проект разработки Кара-Кульского кобальто-медного месторождения ООО «Алтай Руда Металл» предусматривает строительство горно-металлургического комбината с годовой производственной мощностью в 1 миллион тонн руды к 2011 году.
Суммарные инвестиции в рамках проекта превысят 3 миллиарда рублей. Запасы руды только по западному участку месторождения Кара-Куль, утвержденные в госкомиссии по запасам, составляют 13 миллионов тонн. Общество с ограниченной ответственностью «Алтай Руда Металл» получило лицензию на право пользования недрами в Кош-Агачском районе с целью геологического изучения и добычи кобальтосодержащих руд.
В настоящее время на Кара-Кульском месторождении ведется подготовка к строительству, проектируются дороги, линии электроснабжения, объекты хозяйственного назначения. Параллельно «Алтай Руда Металл» начинает строительство опытного производства, которое в дальнейшем будет трансформировано в горно-обогатительный комбинат. Предприятие при содействии администрации муниципального образования планирует организовать профессионально-техническое училище для обучения местного населения горняцким профессиям.
Основными проблемами в реализации проекта являются отдаленность и труднодоступность месторождений, отсутствие развитой инфраструктуры.